등기 안 된 부동산 양도, 어떤 불이익이 있나?

부동산 거래를 할 때 등기는 소유권을 법적으로 인정받는 핵심 절차입니다. 하지만 실제로는 등기를 하지 않은 상태로 오랫동안 보유하고 있다가, 매도 시점에서 등기 문제로 세금이나 법적 불이익을 겪는 사례가 적지 않습니다.

“내가 샀지만 등기를 안 했을 뿐인데, 문제가 되나요?”라고 생각할 수 있지만, 세법은 다르게 작용합니다. 등기가 되어 있지 않은 부동산을 양도하려는 경우, 세금뿐 아니라 권리관계에서도 복잡한 문제가 발생할 수 있습니다. 어떤 불이익이 생기는지 구체적으로 알아보겠습니다.

등기 안 된 부동산 양도, 어떤 불이익이 있나?

취득가액 입증이 어려워 양도차익이 커집니다

등기를 하지 않은 상태에서 부동산을 양도하게 되면, 국세청은 취득가액을 인정하지 않을 수 있습니다. 세법상 양도차익은 양도가액에서 취득가액을 뺀 금액으로 계산되는데, 취득가액을 증명하지 못하면 취득가액을 0으로 보고 전액을 양도차익으로 간주할 수 있습니다.

예를 들어 실제로 2억 원에 샀던 부동산을 4억 원에 팔았다고 하더라도, 취득 시 계약서나 등기 기록이 없으면 4억 원 전체가 양도차익으로 계산되어 과도한 세금이 발생하게 됩니다. 이는 수천만 원에서 억 단위로 차이가 날 수 있는 문제입니다.

장기보유특별공제 적용이 어려워집니다

등기일은 세법상 ‘보유기간’을 판단하는 기준이 됩니다. 등기를 하지 않았을 경우, 보유기간을 입증하기가 어려워 장기보유특별공제나 비과세 요건 충족에 문제가 생길 수 있습니다.

예를 들어 10년 전 취득한 부동산이라도 등기가 최근에 이뤄졌다면, 국세청은 보유기간을 등기일 기준으로 계산해 공제를 제한할 수 있습니다. 이를 방지하려면 매수 시점의 계약서, 세금 납부 자료, 자금 이체 내역 등 충분한 증빙이 필요합니다.

1세대 1주택 비과세 요건 충족이 불가능해질 수도 있음

비과세 요건 중 가장 기본적인 것은 ‘2년 이상 보유’입니다. 등기하지 않은 상태에서는 이 보유기간을 증명하기 어렵기 때문에, 1세대 1주택 비과세 적용 자체가 무산될 수 있습니다.

특히 조정대상지역 내 주택의 경우, 실거주 기간까지 증명해야 하는데, 등기가 되어 있지 않으면 국세청은 실거주 여부조차 의심할 수 있습니다. 주민등록만으로는 부족하며, 관리비나 전기요금 납부 내역 등 실거주 입증 자료를 반드시 함께 제출해야 합니다.

증여나 명의신탁으로 오해받을 위험도 존재

등기를 하지 않은 부동산은 소유권이 불분명하게 보일 수 있어, 국세청으로부터 ‘명의신탁’이나 ‘편법 증여’로 의심받을 수 있습니다. 특히 가족 간 거래에서 등기 없이 소유권만 이전된 상태일 경우, 세무조사 대상이 되기도 쉽습니다.

예를 들어 아버지가 자녀 명의로 등기를 해놓지 않고 본인이 계속 관리하다가 매도 시점에서 자녀 명의로 등기를 넘기면, 자녀에게 증여세가 부과될 수 있습니다. 이 경우 실소유자 입증이 어렵고, 이중 과세 문제가 발생할 수 있습니다.

법적 소유권 분쟁으로 이어질 수 있음

등기되지 않은 부동산은 실제 소유자가 누구인지 분쟁이 생기기 쉽습니다. 만약 매수자가 중간에 사망하거나, 제3자가 근저당권 등을 설정했다면, 법적으로 소유권 주장을 하기가 어려워집니다.

특히 부동산을 양도하면서 잔금을 받은 후에도 등기 이전이 지연되면, 매수자와의 민사소송으로 이어질 가능성도 높습니다. 세금 외에도 이런 법적 리스크를 막기 위해서는 사전에 등기를 완료하는 것이 가장 안전합니다.

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지금이라도 등기 정리부터 시작해야 합니다

이미 오래전 취득했지만 아직 등기를 하지 않은 부동산이 있다면, 매도 전에 가장 먼저 해야 할 일은 등기 정리입니다. 소유권 이전등기를 마치면 보유기간, 취득가액, 실소유자 증빙이 명확해져 세금 부담을 줄일 수 있습니다.

등기비용이 부담되어 미루는 경우도 많지만, 추후 발생할 수 있는 세금 리스크와 법적 분쟁에 비하면 그 비용은 훨씬 적은 수준입니다. 특히 현재 부동산 가격이 상승한 상태라면, 세금 계산의 기준을 명확히 하기 위해서라도 등기는 필수입니다.

등기 미이행은 결국 ‘세금과 분쟁’으로 돌아옵니다

부동산 등기는 단순한 형식이 아니라, 세금과 권리 보호의 기준입니다. 이를 간과한 채 거래하거나 보유하게 되면, 실제 양도 시점에서 수천만 원의 세금 손해와 복잡한 소송으로 이어질 수 있습니다.

지금 등기가 되어 있지 않은 부동산을 가지고 있다면, 먼저 등기 상태부터 점검하고, 필요한 증빙자료를 함께 준비하는 것이 절세의 첫걸음입니다.